The Inter Milan striker, who scored two goals in Cameroon's disappointing World Cup campaign, broke the deadlock in the 36th minute.
Jonathan Bru drew the hosts level four minutes later but Eto'o restored Cameroon's advantage two minutes after the restart.
Eric Choupo-Moting converted a penalty on the hour mark to seal the Indomitable Lions' victory.
Spanish coach Javier Clemente enjoyed a winning start after replacing Frenchman Paul Le Guen at Cameroon's helm last month.
Senegal meet DR Congo in the other Group E game on Sunday.
Uganda caused an upset in Group J after crushing Angola 3-0 in Kampala.
Goals from David Obua, Andrew Mwesigwa and Geoffrey Sserunkuma gave Uganda an opening victory at the expense of 2010 Nations Cup hosts Angola.
Botswana moved closer to their first ever appearance at the biennial competition after beating Togo 2-1 in Gaborone.
Joel Mogorosi gave Botswana the lead after five minutes but Togo's Serge Fiakpe equalized in the 50th minute.
Jerome Ramatlhakwane handed Botswana all three points with a late strike.
Botswana are on top of Group K with 10 points from four games. Tunisia, who face Malawi later on Saturday, have three points from two games.
نرشح لكم
وزير الرياضة يستقبل موتسيبي في حضور أبو ريدة
مدرب السنغال: الجميع يعلم أننا أبطال إفريقيا.. وإدريسا جي: لم ننتزع النتائج من أيدينا
مدرب موريتانيا: كنا نلعب بمستوى يفوق مستوانا بكثير ضد الأرجنتين
محمد معروف حكما لمباراة إثيوبيا وساو تومي في تصفيات أمم إفريقيا 2027
سكالوني: لم نلعب مباراة جيدة ضد موريتانيا.. وأهنئهم على أدائهم المميز
وسط تصفيق جماهير لا بومبونيرا.. موريتانيا تخسر من الأرجنتين وديا
الظهور الأول لمدربه الجديد.. المغرب يتعادل مع الإكوادور ويهدر ركلة جزاء مجددا
قلص الفارق بقائمة الهدافين التاريخيين.. محرز يسجل في فوز الجزائر على جواتيمالا












وكيل لوكاس مورا يكشف لـ في الجول حقيقة مفاوضات الأهلي
الودية الثانية.. بعثة منتخب مصر تصل إلى إسبانيا