Siasia was chosen ahead of his former captain Stephen Keshi, the Nigerian Football Federation (NFF) confirmed.
"After careful deliberation, the NFF has accepted the recommendation of the technical committee that Samson Siasia be appointed as head coach of the Super Eagles," the NFF said in a statement.
"Importantly, this is subject to a contract to be executed in a couple of days."
Siasia will succeed Swedish coach Lars Lagerback who rejected an offer to remain at Nigeria's helm following their first-round exit from this year's World Cup finals in South Africa.
Austin Eguavoen has been in charge of Nigeria on a temporary basis during the past few months.
Siasia will take up the post from December 1 but will travel with Nigeria for a friendly against Iran on November 17.
The 43-year-old has been working with Nigerian side Heartland, who played against Egyptian duo Ahli and Ismaili in this season's African Champions League.
His first task will be to qualify Nigeria, who last won the competition in 1994, for the 2012 African Cup of Nations.
نرشح لكم
بهدف أحمد حمدي وعودة الونش.. الزمالك يهزم جينيس استعدادا لمواجهة أوتوهو
"يعزز مصداقية الكرة الإفريقية".. بيان من الاتحاد المغربي بعد سحب كاف كأس الأمم من السنغال
مؤتمر صحفي من الاتحاد السنغالي للرد على قرار سحب لقب أمم إفريقيا
نيجيريا تستأنف على قرار فيفا بعد رفض التماسه بشأن أهلية لاعبي الكونغو الديموقراطية
موتسيبي يوضح حيثيات اتخاذ قرار سحب لقب أمم إفريقيا من السنغال
كاف: موتسيبي سيصدر بيانا اليوم حول قرار نهائي أمم إفريقيا
روني: هذا جنون.. لو كنت لاعبا مغربيا لما قبلت ذلك
آلان جيريس يفتح النار على كاف: إنه أمر مشين.. من عانى نفسيا أكثر في المباراة












50 هدفا لـ كين.. بايرن ميونيخ ينتصر على أتالانتا في أبطال أوروبا