لاعب الأهلي السابق خاض تجربة الاحتراف في تركيا مع فريق دينيزليسبور عام 1999، وانتقل منه إلى ديار بكر سبور في 2001، ثم عاد إلى مصر في 2002 عبر بوابة إنبي الذي أنهى مسيرته معه.

المسيرة التدريبية بدأت مع نادي إنبي بعد الاعتزال، ثم أصبح في 2009 المدرب المساعد للنادي الأهلي تحت قيادة حسام البدري في ولايته الأولى.

وواصل محمد يوسف العمل تحت قيادة مانويل جوزيه في ولايته الثالثة والأخيرة مع الشياطين الحمر، ثم عاد للعمل مع البدري في ولايته الثانية، ومع رحيل البدري تولى هو المهمة الأكبر في مسيرته.

مع الأهلي عانق محمد يوسف الألقاب كمدرب، حيث حقق دوري أبطال إفريقيا 2013 وكأس السوبر الإفريقي في العام التالي.

وبعد رحيله عن الأهلي في 2014 تولى قيادة اتحاد الشرطة، ثم سموحة في 2015، ثم بتروجت في 2017.

وعاد يوسف إلى الأهلي مرة أخرى في 2018 كمدرب مساعد تحت قيادة الفرنسي باتريس كارتيرون، ثم صار القائم بأعمال المدير الفني بعد إقالته.

وحين تولى الأوروجواياني مارتن لاسارتي المسؤولية بدلا منه، استمر يوسف في منصبه، ثم صار القائم بالأعمال مرة أخرى بعد إقالته أيضا.

عاد يوسف لمواصلة مسيرته المستقلة كرجل أول بعيدا عن الأهلي، هذه المرة عبر بوابة البنك الأهلي في 2020، ومع ظهور نادي فيوتشر صار يوسف مستشاره الفني في 2021.

المهمة الأخيرة كانت مع طلائع الجيش، والتي بدأت في نوفمبر 2022 وانتهت في فبراير 2023، ليكتب الرجل فصلا جديدا في مسيرته بتولي مهمة المدرب العام لمنتخب مصر والقائم بأعمال المدير الفني لحين اختيار بديل روي فيتوريا.