Mohamed Al-Herda scored the winner seven minutes after the restart following a dreadful blunder by the keeper.
The midfielder's low shot squirmed beneath the custodian's body to break Bayelsa's resistance.
Hodoud, who were missing striker Ahmed Salama due to injury, survived an early scare before laying siege to the visitors' area.
The Alexandria-based club tried their luck from distance more than once through Ahmed Eid and Abdul-Salam Nagah but their shots went wide.
They could have taken the lead after 33 minutes but Bayelsa keeper parried two successive close-range shots from Egypt duo Eid and Ahmed Abdul-Ghani.
Hodoud moved top of Group B on three points. Mali's Stade Malien will meet Angolan side Primeiro de Agosto in the other group game on Saturday.
The Egyptian Cup winners will face league champions Ahli in the local Super Cup on Tuesday.
نرشح لكم
كأس العاصمة – موعد مباراة الزمالك ضد سموحة
كأس العاصمة – موعد مباراة غزل المحلة والأهلي
خدمة في الجول - فتح باب حجز تذاكر الجولة الثالثة من كأس عاصمة مصر
مصدر من بتروجت لـ في الجول: عرض ليبي كبير وصلنا لضم حمدان.. ورغبته ستحسم وجهته
أحمد نبيل يفوز برئاسة مجلس إدارة نادي 15 مايو
أمم إفريقيا – قائد زيمبابوي: نتطلع إلى تحقيق نتيجة إيجابية ضد مصر
أمم إفريقيا – تريزيجيه: التفكير في تحقيق اللقب؟ نركز على مباراة زيمبابوي












مباشر أمم إفريقيا - بدء حفل الافتتاح لنسخة 2025 في المغرب
ختام 2025 في الصدارة.. برشلونة يكسر سلسلة فياريال بثنائية رافينيا ويامال