Belgian defender Daniel van Buyten gave Bayern the lead when a defensive clearance fell to him to fire home from inside the box in the 64th minute.
Midfielder Muller, who scored twice in Bayern's 5-1 Bundesliga win over Borussia Dortmund last weekend, maintained his impressive displays.
He extended the Bavarians' advantage on 85 minutes with a low shot from the edge of the area.
The 20-year-old wrapped up the victory with two minutes remaining with a close-range effort after being fed by striker Mario Gomez.
In the other Group A game, Juventus were held to a 1-1 home draw by French side Bordeaux.
The Italian side went in front three minutes past the hour mark, thanks to a goal from towering striker Vincenzo Iaquinta.
Midfielder Jaroslav Plasil secured a share of spoils on 75 minutes after a defensive lapse from Juventus.
Haifa-Bayern match goals
نرشح لكم
جواو بيدرو: إستيفاو موهبة استثنائية
جوستو: هدف تشيلسي هو المربع الذهبي
جارناتشو يصنع مرتين.. تشيلسي ينقض على الوصافة ويزيد أوجاع الفريق الأسوأ
أصبح خلف ميسي وراؤول.. جريزمان يقود أتلتيكو مدريد للفوز على ليفانتي
أرتيتا بعد التعادل مع سندرلاند: لا أريد الشكوى من أي شيء
مدرب سندرلاند: هذا سر عودتنا أمام أرسنال
قبل الدربي.. ميلان يفرط في الفوز بتعادل مع بارما
بمشاركة مصطفى محمد.. نانت يفرط في الفوز بتعادل متأخر ضد لو هافر











