Belgian defender Daniel van Buyten gave Bayern the lead when a defensive clearance fell to him to fire home from inside the box in the 64th minute.
Midfielder Muller, who scored twice in Bayern's 5-1 Bundesliga win over Borussia Dortmund last weekend, maintained his impressive displays.
He extended the Bavarians' advantage on 85 minutes with a low shot from the edge of the area.
The 20-year-old wrapped up the victory with two minutes remaining with a close-range effort after being fed by striker Mario Gomez.
In the other Group A game, Juventus were held to a 1-1 home draw by French side Bordeaux.
The Italian side went in front three minutes past the hour mark, thanks to a goal from towering striker Vincenzo Iaquinta.
Midfielder Jaroslav Plasil secured a share of spoils on 75 minutes after a defensive lapse from Juventus.
Haifa-Bayern match goals
نرشح لكم
سيميوني: ماذا حدث مع فينيسيوس؟ ذاكرتي تفقد بعض الأحداث لم أقل شيئا
مؤتمر ألونسو: موقف مبابي من الكلاسيكو.. وما حدث من سيميوني غير مقبول
ميلان يفرط في نقطتين أمام جنوى
أرسنال يرفض الابتعاد في الصدارة أكثر بتعادل سلبي مع ليفربول
سافونوف غاب شوفالييه موجود.. باريس سان جيرمان بطل السوبر الفرنسي أمام مارسيليا
انتهت الدوري الإنجليزي - أرسنال (0)-(0) ليفربول.. لا أهداف
التشكيل - فريمبونج جناح في ليفربول.. وساكا وتروسارد أساسيان مع أرسنال
تشكيل السوبر الإسباني - جارسيا يقود ريال مدريد.. وثنائي في هجوم أتلتيكو












خبر في الجول - الجونة ينتظر رد الاتحاد على مطالبه بشأن محمد علاء
سيمينيو أول صفقات مانشستر سيتي الشتوية