Belgian defender Daniel van Buyten gave Bayern the lead when a defensive clearance fell to him to fire home from inside the box in the 64th minute.
Midfielder Muller, who scored twice in Bayern's 5-1 Bundesliga win over Borussia Dortmund last weekend, maintained his impressive displays.
He extended the Bavarians' advantage on 85 minutes with a low shot from the edge of the area.
The 20-year-old wrapped up the victory with two minutes remaining with a close-range effort after being fed by striker Mario Gomez.
In the other Group A game, Juventus were held to a 1-1 home draw by French side Bordeaux.
The Italian side went in front three minutes past the hour mark, thanks to a goal from towering striker Vincenzo Iaquinta.
Midfielder Jaroslav Plasil secured a share of spoils on 75 minutes after a defensive lapse from Juventus.
Haifa-Bayern match goals
نرشح لكم
فليك يكشف سبب استبدال بيدري أمام أتلتيكو مدريد
أكثر حداثة وسلاسة.. مارسيليا يكشف شعاره الجديد
أراوخو: إذا كان هناك فريق قادر تحقيق العودة ضد أتلتيكو مدريد فهو نحن
لويس إنريكي: نشعر بخيبة أمل لعدم تسجيل المزيد من الأهداف أمام ليفربول
حكيمي: محبطون بسبب النتيجة أمام ليفربول.. وكفاراتسخيليا: كان علينا استغلال الفرص
فليك: لا أفهم لماذا لدينا تقنية الفيديو إذا لم نستخدمها
"من الأفضل أن يوفر طاقته بدلا من الدفاع".. سلوت يكشف سبب عدم الدفع بـ صلاح أمام سان جيرمان
فان دايك: نأمل في تحقيق أمسية مميزة على أنفيلد.. ولا يجب أن ننسي أننا لعبنا أمام أبطال أوروبا












نيوم يفوز على الاتحاد بمشاركة حجازي.. وبنزيمة يقود الهلال لسحق الخلود