The court overruled their initial order to the National Sports Council (NSC) to sack Zaher, who was allegedly ineligible to run for the post in 2008 due to criminal record.
The NSC is expected to issue the reappointment decision soon.
Egypt won the African Cup of Nations three times in a row in 2006, 2008 and 2010 during Zaher's two spells at the helm.
He was also praised for generating income for Egyptian clubs through selling the league's broadcasting rights to several TV networks.
However, critics sharpened the knives for him during the past year after many disputes erupted in domestic football.
Zaher would have stepped down as the EFA president anyway in 2011 because regulations would not have allowed him to remain in his post for a third successive stint.
نرشح لكم
منتخب مصر للناشئين يختتم استعداداته لمواجهة إنجلترا في بطولة الصداقة
مصدر من منتخب مصر يوضح موقف صلاح من العودة للمعسكر بعد مباراة جنوب السودان
في الجول يكشف أسماء طاقم التحكيم الجزائري لودية مصر ضد جنوب إفريقيا
إبراهيم حسن لـ في الجول: صلاح حصل على إذن بعدم مشاركتة ضد جنوب السودان
اتحاد الكرة يعلن سبب مغادرة محمد صلاح معسكر منتخب مصر
مصدر من لجنة الحكام لـ في الجول: استبعاد إسبانيا وفرنسا من إدارة مباراة القمة
مصدر من اتحاد الكرة لـ في الجول: طاقم تحكيم جزائري لودية مصر ضد جنوب إفريقيا
جدو يكشف حقيقة فسخ بيراميدز لـ تعاقد رمضان صبحي












مباشر دوري الأمم الأوروبية - إنجلترا (0)-(1) إسبانيا.. فيران يهدر من جديد
كأس الخليج - العراق يفوز على الكويت في الوقت القاتل بعد مباراة مجنونة